1 сентября 1969 года школа приветливо распахнула двери своим первым ученикам. Образовалась она как начальная школа, где учились дети первопроходцев нефтяной отрасли. После окончания начальной школы детей, специально организованным автобусом, возили в город Южно-Сухокумск, для продолжения дальнейшей учебы. Директором школы была назначена Исакова Светлана Тимофеевна. Это были годы, когда в Дагестане стала развиваться нефтяная промышленность. И со всего Дагестана сюда приезжали молодые специалисты с семьями, а их детям нужно было учиться.
1 сентября 1980 года школа была реорганизована в Восточно Сухокумскую восьмилетнюю школу. В разные годы директорами школы работали Раисат Магомедовна, Касум Чамсурбекович и Айдемир Айдемирович. С 1993 года по апрель 2023 года работал директором школы Гаджимусаев Сейдали Гусейналиевич. Сегодня руководит школой Шапиев Марат Абакарович.
С 1 сентября 1996 года школа функционирует как «Средняя общеобразовательная школа №3» г. Южно-Сухокумска.
В связи с уменьшением контингента учащихся, школа с 1 сентября 2023 года, снова реарганизована как "Основная общеобразовательная школа №3" г. Южно-Сухокумска.
Сейчас наша школа идёт в ногу со временем, есть большие планы на будущее, которые при поддержке коллектива и родителей будут непременно реализованы. Школа сегодня на пути развития, в постоянном движении, а значит, ее история продолжается.